Секретаријатот на НМСМ е оперативен орган кој е задолжен за спроведување на сите активности од областа на тековното работење на НМСМ кои не се во надлежност на други органи и тела. Со Секретаријатот на НМСМ раководи Генералниот секретар, а останатите членови на Секретаријатот се координаторите кои раководат со посебните оддели, како и асистентите кои му даваат целосна поддршка на Секретаријатот во своето работење. Секретаријатот на НМСМ го сочинуваат следните членови:
Асистент за финансии и администрација
Координатор за меѓународни прашања и политики
Координатор за членство и комуникации
