Секретаријатот на НМСМ е оперативен орган кој е задолжен за спроведување на сите активности од областа на тековното работење на НМСМ кои не се во надлежност на други органи и тела. Со Секретаријатот на НМСМ раководи Генералниот секретар, а останатите членови на Секретаријатот се координаторите кои раководат со посебните оддели, како и асистентите кои му даваат целосна поддршка на Секретаријатот во своето работење. Секретаријатот на НМСМ го сочинуваат следните членови:
Координатор за комуникации - "МладиХаб"
Координатор за меѓународни односи и политики
Проектен координатор - "МладиХаб"
Финансиски и административен менаџер
Финансиски и административен асистент
